Câu chuyện xảy ra trên một hòn đảo, nơi mà “Hệ thống Fractale” đang ở bờ vực tan rã. Một hôm, Clain vô tình nhìn thấy một cô gái tên Phryne bị thương nằm dưới một vách đá. Cô ấy đột ngột biến mất, chỉ để lại một chiếc mặt dây chuyền. Thế là Clain lao vào cuộc hành trình, với hình ảnh của Nessa, một cô gái mà anh tạo ra, để tìm kiếm Phryne và khám phá những bí ẩn đằng sau Hệ thống Fractale.