Trong một vũ trụ khác, câu chuyện của Shoujo Kakumei Utena được kể lại và làm cho bộ phim này có sức hút hơn cả bản gốc. Nhân vật chính, Tenjou Utena, mới đến Học viện Ohtori và vừa mới chia tay với Kiryuu Touga. Khi đặt chân đến trường, Utena gặp lại Touga và cũng gặp Himemiya Anthy, hay còn được gọi là Cô dâu hoa hồng. Để có được Anthy, Utena phải tham gia một cuộc đấu tay đôi với Saionji Kyouichi. Dù hoang mang vì nhiều sự kiện kỳ lạ xung quanh, cô bắt đầu khám phá những ý nghĩa của cuộc sống và những gì thực sự quan trọng.
Utena thực chất là một cô gái, nhưng vì lý do gì đó trong quá khứ, cô quyết định cải trang thành một thanh niên đẹp trai để theo đuổi những ước mơ lớn lao của riêng mình. Tại Học viện Ohtori, cô không thể tránh khỏi việc gặp lại người yêu cũ, Kiryuu Touga, người mang Dấu ấn Hoa hồng, biểu tượng của một tay đấu tay đôi. Trùng hợp thay, Utena cũng đeo chiếc nhẫn giống hệt, dẫn đến việc Saionji Kyouichi – phó chủ tịch hội học sinh, thách đấu cô giữa khu vườn hoa hồng. Cuộc chiến này không chỉ nhằm tranh giành “Cô dâu hoa hồng”, mà còn là cơ hội để có được sức mạnh thay đổi cả thế giới.
