Giờ đây, chúng ta đang sống trong một thế giới ảo, mà người ta gọi là “Thế giới số”. Ở đây có một loại sinh vật mới, gọi là “quái vật kỹ thuật số”, và nó được quản lý bởi một cái máy tính khổng lồ tên là Yggdrasil. Thế nhưng, từ khi có Chương trình sợ hãi X ra đời, tất cả những sinh vật trong thế giới cũ đều bị loại bỏ, để xây dựng một Thế giới kỹ thuật số mới chỉ dành riêng cho một số loại Digimon nhất định.
Hiện tại, một cuộc khủng hoảng lớn đang đe dọa Thế giới kỹ thuật số. Có một nhóm gọi là X-Digimon, là những quái vật kỹ thuật số mới, đang bị các Hiệp sĩ Hoàng gia săn lùng. Các Hiệp sĩ này đóng vai trò bảo vệ thế giới này. Ông chủ của họ, người giám sát mạng Yggdrasil, đang muốn khởi động Dự án Ark để làm mới Thế giới kỹ thuật số và tạo ra những Digimon mới, mặc dù điều đó đồng nghĩa với việc sẽ phải hy sinh tất cả các sinh vật kỹ thuật số khác.
Trong lúc ấy, những X-Digimon này đang hành trình tìm kiếm câu trả lời cho lý do tồn tại của chúng, trong khi cố gắng bảo vệ mạng sống cho tất cả các Digimon khác.
