Miki Sayaka đã thực hiện điều ước của mình và cuối cùng cũng trở thành Ma pháp thiếu nữ. Nhưng cái giá mà cô phải trả lại quá đắt và đi kèm rất nhiều hệ luỵ không ngờ, khiến cho Ngọc hồn của cô bị ô nhiễm. Khi Ngọc hồn bị ô nhiễm, nó sẽ chuyển thành Khổ mầm, và Ma pháp thiếu nữ sẽ chuyển kiếp thành Ma nữ. Đây chính là số phận chung của tất cả những ai đã ký giao ước với Kyubey. Madoka cũng không thể tránh khỏi cái số này, và lý do mà Homura không ngừng quay lại thời gian chính là để tìm cách cứu Madoka khỏi định mệnh đó.