Chẳng hiểu sao, Sheryl bị bắt giữ khiến Alto, Ranka – một ngôi sao đang lên – cùng với nhiều người khác trong đội quân Macross Frontier cảm thấy chán nản. Họ quyết định liên kết lại để tiêu diệt Sheryl và dọn dẹp mối đe dọa từ Vajra vẫn còn lởn vởn xung quanh. Đen đủi thay, Grace đã bị Leon mang về, với hy vọng là anh ta vẫn có thể giúp được gì cho cô. Nhìn viên đạn do tên tay sai Brera Sterne bắn vào đầu Leon, lại thấy tình hình có vẻ không ổn cho lắm.
Đặc biệt, nếu mà có gì từ chương trình cũ được nhắc lại ở bộ phim này, thì chắc chắn phải đề cập đến bốn bên tham gia vào trận chiến trí tuệ và chinh phục ấy. Sheryl Nome – nàng tiên vũ trụ và Ranka Lee cùng với Alto Saotome và hơn 10 triệu công dân đang du hành trong không gian với hạm đội Macross Frontier, tất cả chỉ để tìm kiếm một hành tinh mới. Nhưng những mối đe dọa từ Vajra, nhũng sinh vật ngoài hành tinh giống như côn trùng đang đe dọa sự sống còn của hạm đội. Liệu Alto và Ranka có thực hiện được giấc mơ của mình trong khi cuộc chiến giữa Macross Frontier và Vajra càng lúc càng trở nên căng thẳng?
