Quê hương của Genesect giờ đây đã biến mất. Sau hơn ba trăm triệu năm, những ngọn núi tuyết mà bọn Pokémon cổ đại từng sinh sống đã đã không còn phù hợp để sinh sống nữa. Nhưng không phải tất cả đều đã tuyệt chủng; vẫn còn vài cá thể còn sống và đang tìm kiếm một nơi mới để gọi là nhà. Dẫn đầu bởi một Shiny Genesect và đi cùng với Pokémon huyền thoại là Mewtwo, những sinh vật này đã lang thang đến Thành phố New York.
Khi chúng thấy bầu trời và cảnh vật của thành phố giống như quê hương từng có, Genesect đã quyết định chiếm lấy trung tâm thành phố, đuổi các Pokémon khác đi và đe dọa sự sống còn của người dân ở đó. Thậm chí, thủ lĩnh của Genesect còn thách thức Mewtwo trong một trận đấu kịch tính, nhanh như chớp, có thể dẫn đến hủy diệt toàn bộ thành phố — và Satoshi cùng đám bạn của mình phải tìm cách cứu thành phố và làm hòa với những Pokémon đang thù ghét này.
