Chuyện trong phần ba của phim “Full Metal Panic!” được làm lại từ những tập đầu của seri truyền hình hồi năm 2002. Nhân vật chính, Sousuke Sagara, trước đó sống ở Afghanistan sau một vụ tai nạn máy bay hồi còn nhỏ. Giờ đây, cậu là một thành viên của tổ chức đặc nhiệm bí mật Mithril. Nhiệm vụ mới của Sousuke là sang Nhật Bản, giả dạng như một học sinh trung học, rồi vào trường Jindai để bảo vệ cô bạn Kaname Chidori, một cô gái 16 tuổi đang học ở đó.