Hai năm đã trôi qua kể từ khi chương trình Treadstone sụp đổ, còn Jason Bourne thì sống đời ẩn dật, kín tiếng bên cô bạn gái xinh đẹp Marie. Hồi đó, anh chỉ mơ hồ nhớ mình từng là một điệp viên CIA. Thỉnh thoảng, những hình ảnh kinh hoàng từ quá khứ lại xuất hiện trong đầu, nhưng Jason không thể nhớ rõ từng chi tiết đã xảy ra…
Giữa dòng người tấp nập, đột nhiên anh cảm thấy mình bị theo dõi. Một gương mặt bí ẩn khiến anh bỗng nhớ về dự án Treadstone mà mình ngày trước tham gia. Dường như có mùi nguy hiểm sộc đến, Jason và Marie lập tức quyết định tìm cách trốn chạy. Thế nhưng, không may trong cơn truy sát, Marie đã mãi mãi ra đi, còn Jason thì sống sót nhưng phải lẩn trốn.
Ngẫm lại nỗi đau trong lòng, anh tiêu hủy hết giấy tờ và hình ảnh có liên quan, sau đó bay về châu Âu với một quyết tâm tìm ra sự thật về quá khứ của mình.
