“Sousei no Aquarion Evol” có bối cảnh vào mùa xuân năm 1966. Trong chuyến du lịch đi mua một chiếc radio pha lê, Shin Tsukishima tình cờ gặp Yuno Kawazu – một cô gái đang khóc nức nở ở bãi biển Izu. Hai người họ được dẫn dắt bởi một cuốn Sách Sáng thế và sau đó gặp nhau theo cách bất ngờ. Từ đó, ranh giới giữa ba thế giới bắt đầu trở nên lộn xộn.