Mùa thứ hai của In/Spectre đã trở lại! Cô bé Kotoko Iwanaga hồi đó mới chỉ 11 tuổi đã bị yêu quái bắt cóc suốt hai tuần và được yêu cầu làm “Thần trí tuệ” cho chúng, nghĩa là làm cầu nối giữa thế giới linh hồn và con người. Cô bé nhanh chóng đồng ý, nhưng đổi lại là một cái giá rất cao: mắt phải và chân trái của cô.
Còn Kurou Sakuragawa, chàng sinh viên 22 tuổi, vừa mới chia tay bạn gái sau khi anh lén lút bỏ đi khi cả hai gặp phải một con kappa. Kotoko thấy đây là cơ hội tuyệt vời để hiểu anh hơn và cô hy vọng có thể sẽ kết hôn với Kurou trong tương lai. Nhưng rồi, cô phát hiện ra rằng Kurou không hề bình thường chút nào. Với kiến thức mà mình có, Kotoko nhờ Kurou giúp đỡ giải quyết những chuyện liên quan đến siêu nhiên, trong khi vẫn mộng mơ rằng cuối cùng anh sẽ đáp lại tình cảm của cô.
