Sở cảnh sát vừa nhận được tin nóng hổi về một vụ nổ xảy ra tại Viện vi sinh học Tokyo ở Nishitama, Tokyo, được cho là do một nhóm khủng bố có tên Red Shamu-Neko (Mèo Xiêm Đỏ) thực hiện. Đặc biệt, bọn họ có thể đã đánh cắp một loại virus cực kỳ nguy hiểm.
Trong khi đó, bác của Sonoko, Suzuki Jirokichi, đã chuẩn bị một chiếc khí cầu khổng lồ mang tên Bell 3, bên trong có chứa viên đá quý gọi là “Thiếu nữ bầu trời”. Nhóm Mori Kogoro cùng Đội Thám tử nhí cũng được mời tham gia chuyến bay đến Osaka này.
Thật không may, khi đang trên không, cả con tàu bỗng bị nhóm khủng bố nói trên kiểm soát và chúng đã dọa sẽ cho nổ cả chiếc khí cầu nếu ai dám làm liều. Không chỉ vậy, trên tàu đã có người bị trúng độc. Ran cũng có triệu chứng lạ…!? Và liệu Shinichi có xuất hiện…!? Conan cũng nhận được tin từ Heiji: Cả Osaka đã biết về vụ việc rồi…
