Bộ phim diễn ra trong thời điểm mà Nhật Bản đang tất bật chuẩn bị cho Thế vận hội Tokyo, nhưng cũng lúc đó đang xôn xao với những vụ bắt cóc đầy bí ẩn. Một chiếc tàu siêu tốc mới ra, chạy được 1000 km/h, trở thành nơi lý tưởng để kẻ xấu thực hiện âm mưu, khiến cả FBI và gia đình Akai phải nhảy vào cuộc điều tra.
Chuyện xoay quanh gia đình Akai – những người có mối liên hệ đặc biệt với tổ chức áo đen, nhóm bí ẩn được dẫn dắt bởi một người không ai biết mặt. Trong số họ, mẹ của Akai, Mary, bỗng nhiên bị teo nhỏ như Conan và Haibara. Người anh cả, Akai Shuichi, có biệt danh là “Viên đạn bạc” trong tổ chức áo đen, nhưng thực ra anh đang là một đặc vụ FBI, ngấm ngầm thâm nhập để điều tra.
Còn người em trai thứ hai là Haneda Shukichi, cậu bé được gia đình triệu phú Haneda nhận nuôi. Cuối cùng, cô em gái út, Sera Masumi, là một nữ thám tử trường trung học. Hớp hồn với nỗi trăn trở về việc mẹ mình bị teo nhỏ, Sera tìm đến trường nơi Ran học để điều tra những bí ẩn xung quanh Shinichi và giải đáp những thắc mắc của mình.
