Trong cuộc phiêu lưu lần thứ hai này, Neo và các lãnh đạo của phiến quân nhận ra rằng họ chỉ còn 72 giờ nữa trước khi Zion bị bao vây bởi quân địch. Thời gian đang trìu mến với họ, vì chỉ còn vài tiếng, thành phố cuối cùng của loài người trên Trái Đất sẽ phải đối mặt với 250.000 con Sentinels được lập trình để tiêu diệt tất cả. Tuy nhiên, những người dân của Zion lại được Morpheus thuyết phục rằng lời tiên tri của Oracles sẽ thành hiện thực, giúp họ chấm dứt cuộc chiến chống lại các cỗ máy. Trong lúc đó, Neo cảm thấy mình đang bị mắc kẹt trong những tầm nhìn đáng lo ngại, trong khi cố gắng tìm ra con đường hành động đúng đắn.