Câu chuyện của phần tiếp theo sẽ diễn ra vào mùa đông năm 2028, khi mà thành phố Cảng Mới đang dần hồi phục sau chiến tranh. Nhưng không khí ở đây lại đang khá căng thẳng khi mà có nhiều cuộc biểu tình nổ ra liên quan đến quyền lợi của mấy công ty nước ngoài. Từ đó, một vụ nổ súng đã xảy ra giữa cảnh sát chống bạo động và người biểu tình. Mọi chuyện bắt đầu khi tên khủng bố Fire Starter tung ra loại virus cyberbrain, khiến mọi thứ hỗn loạn.
Lúc này, một đội quân do Makoto Kusanagi cầm đầu đã được giao cho nhiệm vụ kiểm soát tình hình, với sự hỗ trợ của những hồn ma của họ, để vừa trấn áp bạo động, vừa nắm quyền công lý theo cách riêng. Nhưng chìm khuất trong những diễn biến này lại là cô bé thiếc Emma và gã bù nhìn Burinda Junior. Khi mà Kusanagi tham gia giải quyết mọi chuyện, cô ấy cũng từ từ tiếp cận được với thứ mà hai hồn ma này đang đi tìm.
