Khi các sự kiện trong Genesis Aquarion diễn ra đã 12.000 năm, con người đang sinh sống trên ngôi sao Vega nhưng thường xuyên bị đe dọa bởi một lũ sinh vật kỳ lạ gọi là Kẻ bắt cóc. Những con quái vật này khởi nguồn từ ngôi sao Altair, bạn đồng hành của Vega, và liên tục tấn công để giết hại cư dân ở đây.
