Trong câu chuyện khoa học viễn tưởng này, có một cậu bé tên Remu đang tìm cách cứu em gái mình, Shiki, người đã mất tích trong thế giới mạng. Một hôm, trong cuộc gọi video, Shiki – đang học hành ở Mega Float City trên đảo Okinotori – đã thú nhận với Remu rằng hình ảnh và âm thanh của cô đều chỉ là giả. Để học tập hiệu quả, Shiki đã dùng máy nano kết nối với não bộ để tải ý thức mình lên máy tính, đồng thời để thân xác vật lý của bản thân trong một “bể chứa”. Remu cảm thấy sốc nhưng vẫn đồng tình với quyết định của em gái, cho đến khi tai họa mang tên “Sự sung sướng sớm” ập tới. Thảm họa này khiến những người đã tải ý thức vào máy sẽ rơi vào trạng thái hôn mê hoặc thậm chí là tử vong.
Khi Remu đến thăm căn hộ trống của em gái mình lần cuối, cậu bỗng kinh ngạc khi thấy Shiki đứng trước cửa. Nhưng điều kỳ lạ là Shiki không còn chút ký ức nào về gia đình hay quá khứ. Giờ đây, cô đang bị một nhóm nhà nghiên cứu hung dữ truy đuổi. Remu và Shiki buộc phải tìm cách trốn thoát bằng việc khai thác sức mạnh điều khiển máy nano mà cô vừa khám phá ra.
