Trong một tương lai không xa, mực nước biển trồi lên bất ngờ khiến hầu hết nền văn minh của nhân loại bị chìm dưới nước. Ikaruga Natsuki, một cậu bé từng mất mẹ và phải sống với tàn phế từ một vụ tai nạn cách đây vài năm, rời bỏ cuộc sống khắc nghiệt nơi phố thị để tìm về quê hương của mình, nhưng giờ đây quê xưa chỉ còn lại nửa nhô khỏi mặt nước. Không còn ai bên cạnh, tất cả những gì cậu còn lại chỉ là chiếc thuyền và chiếc tàu ngầm mẹ để lại cùng những khoản nợ đè nặng.
Hy vọng duy nhất giúp cậu khôi phục ước mơ trong tương lai chính là cơ hội từ cô đòi nợ có phần nghi ngờ, Catherine. Họ cùng nhau ra khơi tìm kiếm những tàn tích trong phòng lab của bà ngoại cậu với mục đích tìm kho báu mà nhiều người nói là bà đã giấu. Nhưng thay vì tìm thấy của cải hay vàng bạc, họ lại có một phát hiện kỳ lạ: một cô gái bí ẩn đang ngủ say trong quan tài dưới đáy biển. Cô tên là Atri.
Atri giống như một người máy, nhưng với vẻ ngoài và cảm xúc sống động, cô dễ dàng khiến người khác lầm tưởng rằng cô là một con người thật. Để thể hiện lòng biết ơn vì đã được cứu, Atri tuyên bố với Natsuki: “Tôi muốn hoàn thành mệnh lệnh cuối cùng của chủ nhân. Cho đến khi tôi làm được, tôi sẽ là đôi chân của cậu!”
Tại một thị trấn nhỏ đang dần bị biển nhấn chìm, một mùa hè khó quên sắp tới với câu chuyện của chàng trai và cô gái robot bí ẩn này…
