Mười năm sau khi Naboo bị xâm lược, Cộng hòa Thiên hà đang phải đối mặt với một phong trào ly khai. Dịp này, cựu Nữ hoàng và giờ là Thượng nghị sĩ Padmé Amidala lên con tàu đến Coruscant để bầu chọn cho một dự luật nhằm thành lập một đội quân hỗ trợ Jedi bảo vệ Cộng hòa. Vừa đặt chân đến, cô đã phải trốn chạy khỏi một vụ lên kế hoạch ám sát.
Trong lúc này, Obi-Wan Kenobi và học trò Anakin Skywalker nhận nhiệm vụ bảo vệ Padmé. Họ đã truy đuổi kẻ biến hình Zam Wessell, nhưng cô ta bị hạ gục trước khi kịp tiết lộ ai đứng sau vụ ám sát. Hội đồng Jedi sau đó giao nhiệm vụ cho Obi-Wan điều tra về những kẻ đã truy sát Amidala, còn Anakin sẽ bảo vệ cô trên hành tinh Naboo.
Obi-Wan phát hiện ra rằng mũi tên mà kẻ ám sát đã sử dụng có nguồn gốc từ hành tinh Kamino, vì vậy ông đã tới đó. Ở đây, ông đã tìm thấy một đội quân các bản sao đã được chế tạo trong nhiều năm cho Cộng hòa. Thật bất ngờ, người tạo ra những bản sao lại chính là thợ săn tiền thưởng Jango Fett. Trong khi đó, tình cảm giữa Anakin và Amidala ngày càng trở nên sâu đậm. Anakin cũng gặp phải những giấc mơ kinh hoàng về mẹ mình.
Cuối cùng, cả hai quyết định chuyến hành trình về quê hương của Anakin, Tatooine, để tìm mẹ anh. Đau lòng thay, họ phát hiện ra rằng bà đã bị bọn cướp Tusken bắt cóc. Khi Anakin tìm thấy mẹ, đau khổ tột cùng, anh đã mất bình tĩnh và tấn công tất cả thổ dân Tusken, kể cả phụ nữ và trẻ em.
Bên kia chiến tuyến, Obi-Wan theo dõi Jango Fett đến hành tinh Geonosis, nơi ông phát hiện ra những kẻ đứng sau phong trào ly khai. Ông đã cố gắng gửi thông tin về cho Anakin, nhưng lại không thể liên lạc được với Hội đồng Jedi. Ai là kẻ lãnh đạo của phong trào ly khai? Liệu Anakin có nhận được thông điệp từ Obi-Wan? Và liệu tình yêu ngầm giữa Anakin và Amidala có diễn ra như ý muốn không?
