Câu chuyện trong “Crayon Shin-chan: Chiến Tranh Chớp Nhoáng! Phi Vụ Bí Mật Của ‘Móng Lợn'” xoay quanh tổ chức bí ẩn mang tên “Móng Lợn”, với âm mưu muốn sử dụng một vũ khí đặc biệt để nắm quyền thống trị nhân loại. Khi biết được kế hoạch xấu xa này, tổ chức SML, đứng về phía chính nghĩa, đã cử điệp viên Iroke đến để lấy lại chiếc đĩa mềm nhằm phá hoại âm mưu của “Móng Lợn”.
Trong lúc đó, trường mẫu giáo Futaba đang tổ chức một bữa tiệc hoành tráng trên một chiếc du thuyền, bất ngờ bị cuốn vào cuộc chiến. Nhóm bạn Shinnosuke cũng không tránh khỏi cảnh rắc rối, khi vô tình dính vào kế hoạch đào tẩu của Iroke ra khỏi trụ sở của “Móng Lợn”. Mọi người cùng nhận được sự giúp đỡ từ Kinniku và gia đình Nohara. Liệu Shinnosuke và cả nhóm có thể thoát khỏi tình thế nguy hiểm và cứu thế giới khỏi âm mưu của tổ chức “Móng Lợn”?
