Việc tìm kiếm tài liệu về biển để học hành sẽ mở ra cánh cửa kỳ diệu của Doraemon, đưa Nobita xuống gặp Shizuka, Gian và Sueno ở dưới đại dương sâu thẳm. Lần này, cả hội sẽ lên một chiếc thuyền khổng lồ và cực kỳ đặc biệt để khám phá những bí ẩn của biển và săn tìm kho báu. Điều bất ngờ nhất mà không ai dám nghĩ tới chính là sự thay đổi kỳ lạ của thời gian – họ bất ngờ bị cuốn về thế kỷ XVII trong lúc một cơn bão khủng khiếp đổ bộ, dẫn đến việc Doraemon đánh mất chiếc túi thần kỳ của mình. Không còn thời gian để chần chừ, nhóm bạn phải nhanh chóng tìm cách thoát ra. Liệu họ có vượt qua được thử thách này không?