Makoto Naegi, một thằng nhóc bình thường, bỗng nhiên lại trở thành một trong số ít người may mắn được lựa chọn vào lớp “siêu tài năng” ở trường Kibogamine Gakuen. Mọi người đều nói rằng ra trường ở đây chắc chắn sẽ thành công trong đời. Thế nhưng, vào ngày đầu tiên nhập học, Naegi đã gặp sự cố khi bị những sinh viên khác tấn công và nhốt lại. Tình hình càng trở nên tồi tệ hơn khi có một người cáo giác bí ẩn tên là Monokuma xuất hiện, thông báo một luật chơi kinh khủng: “Muốn thoát ra ngoài, bạn phải giết những người khác.”
