Một cuộc chiến mới lại nổ ra giữa những người đột biến gen, cả tốt lẫn xấu, khi tổng thống Mỹ bị ám sát ngay tại Nhà Trắng. Magneto đã trốn thoát, nhưng giờ đây, tất cả phải gạt bỏ mâu thuẫn để cùng nhau chống lại tướng William Stryker – kẻ đang muốn tiêu diệt toàn bộ những người đột biến trên hành tinh này, cùng với Yuriko, một đứa đột biến không ưa gì Wolverine…
