Sau lần va chạm thứ hai, cái còn lại của Nhật Bản chỉ có Tokyo-3, nơi mà thành phố này đang phải đối mặt với những con quái vật khổng lồ gọi là Angels, chúng muốn tiêu diệt loài người. Sau hơn tám năm không gặp cha, Shinji Ikari bất ngờ nhận một cuộc gọi khẩn từ Trụ sở NERV, tổ chức chuyên xử lý các thiên thần bằng cách điều khiển những cỗ máy khổng lồ được gọi là Evas. Nhiệm vụ của Shinji là điều khiển chiếc Eva Unit 01 và phối hợp với cô phi công Eva Unit 00, Ayanami Rei.
