Khi mối hiểm nguy từ Thiên thần ngày càng trầm trọng, sức mạnh phòng vệ của con người bị dồn đến mức tối đa, với NERV là lực lượng chủ chốt trong cuộc chiến này. Shinji Ikari cùng với Rei Ayanami nhận được sự hỗ trợ từ hai phi công mới: Asuka Langley Shikinami cá tính và Mari Illustrious Makinami đầy bí ẩn.
