Mười năm đã trôi qua từ khi bọn họ tranh nhau chiếc máy mang lại điều ước mang tên “Chén Thánh”, cuộc chiến lại nổ ra ở thành phố Fuyuki. Trong trận chiến trước đó, Shiro Emiya, con nuôi của Kiritsugu Emiya, đã thừa kế ý chí của ông và giờ cậu quyết tâm bước vào vòng chiến mới. Cùng với Saber được triệu tập, Shiro lập nên một liên minh với Rin Tohsaka, không còn cách nào khác là đối mặt với “Cuộc chiến Chén Thánh”. Nhưng đặc biệt, trận chiến này đã nảy sinh nhiều mâu thuẫn lớn và bị ảnh hưởng bởi một tổ chức đứng sau vụ việc.
