Bộ phim hoạt hình này diễn ra hai năm sau những sự kiện trong Final Fantasy VII, nằm ở thành phố Edge. Lúc này, Cloud Strife đang làm việc trong nghề chuyển phát, còn Tifa Lockhart thì vừa làm mẹ vừa chăm bẵm cho hai đứa trẻ, trong đó có đứa con gái nuôi mà Barret nhờ trông. Đột nhiên, một căn bệnh kỳ lạ tên là “Geostigma” xuất hiện và đe dọa cư dân nơi đây, buộc Cloud phải vào cuộc để tìm hiểu nguyên nhân của bệnh này.
