Sau khi Quân đội Giải phóng Altana tạm thời rút lui khỏi Quận Kabuki, mọi thứ có vẻ đã lạc quan hơn một chút. Nhưng mà, trong lúc Oniwaban, Shinsengumi và dân cư ở đây đang cố gắng chiến đấu chống lại quân địch còn sót lại, thì chuyện không hay đã xảy ra: nhà phát minh nổi tiếng nhất của Edo, Gengai Hiraga, đã bị bắt cóc. Ông chính là người đã khiến cho kẻ thù phải leo lẻo hạ vũ khí đấy chứ, nhờ vào virus nanomachine của mình. Giờ đây, cái virus đó cũng đang đứng trước nguy cơ bị triệt tiêu.
