Có những sinh vật khổng lồ đầy bí ẩn được gọi là “Ryū no Shippo” (Đuôi rồng) lang thang khắp nơi trên thế giới. Vì sự nguy hiểm mà chúng có thể mang lại, đội Keroro đã bắt tay vào một cuộc nghiên cứu quy mô toàn cầu về Đuôi rồng. Thế nhưng, trong lúc đang tiến hành, Tamama bỗng dưng mất tích. Điều này khiến cả đội phải lên đường tìm kiếm bạn mình, và cuối cùng họ đã tới được Mont-Saint-Michel, Pháp. Tại đây, họ gặp một cô gái lạ mang tên Sion, người đang giữ Cuốn sách rồng bí ẩn, hay còn gọi là Ryū no Hon. Tuy nhiên, họ còn rất ít thông tin về cô ấy và những bí mật đằng sau, cũng như một thảm họa toàn cầu đang rình rập, có thể xóa sổ thế giới như họ biết…
