Cái đám chiến binh tự do gồm Neo, Trinity và Morpheus vẫn tiếp tục dẫn dắt cuộc chiến chống lại đội quân máy móc. Trong hành trình giải cứu nhân loại khỏi việc bị diệt vong, họ hiểu rõ hơn về cách vận hành của Ma Trận và vai trò không thể thiếu của Neo đối với tương lai của loài người.
