Năm 2089 sau Công Nguyên – đã 80 năm trôi qua kể từ khi Chiến tranh Không gian I diễn ra, cuộc sống của con người và cả chủng tộc Zentraedi đã bị thay đổi hoàn toàn. Giờ đây, hai chủng tộc này đang sống hòa bình trên Trái đất. Tuy nhiên, bỗng một chủng tộc ngoài hành tinh mới mang tên “Marduk” xuất hiện trong Hệ Mặt Trời.
