10 năm sau câu chuyện trong Mahou Shoujo Lyrical Nanoha A’s, Nanoha, Fate, Hayate cùng nhóm bạn giờ đang dốc sức làm việc ở Cục Quản lý Không gian-Thời gian. Nanoha giờ đã thành người hướng dẫn đấu trường, Fate thì đang làm điều tra viên đặc biệt, còn Hayate đảm nhiệm vai trò sĩ quan chỉ huy.
