Merc Storia kể về một thế giới mà con người và quái vật sống chung với nhau. Nhân vật chính, Yuu, là một cậu bé đang thực tập làm thầy thuốc và có khả năng thuần hóa những quái vật. Trong hành trình của mình, Yuu đang tìm cách lấy lại ký ức của Merc, một cô gái bị giam trong chiếc chai. Hai người bắt đầu một cuộc phiêu lưu thú vị từ đây.