Hai năm sau sự kiện ở “Kidô senkan Nadeshiko” năm 1996, Akito và Yurika bỗng dưng mất tích, và người ta nghĩ rằng họ đã chết. Các kẻ thù trong Đại chiến trước kia giờ lại trở thành đồng minh, trong khi Ruri Hoshino, một cô bé chỉ mới 14 tuổi đã được biến đổi gen, trở thành đội trưởng của chiến hạm mới Nadesico. Thế nhưng, khi một nhóm người nổi loạn trên sao Hỏa bắt đầu thực hiện một kế hoạch quân sự được chuẩn bị kỹ lưỡng và chạy trót lọt, chính phủ và quân đội liên bang giữa Trái đất và Jovian lại rơi vào tình trạng lộn xộn và cãi vã. Nguyên Ruri phải đứng ra tập hợp lại đội phi hành đoàn từng phục vụ trên Nadesico gần như đã nghỉ hưu, để thực hiện một nhiệm vụ bí mật nhằm ngăn chặn những kẻ tự xưng là Người kế vị trên sao Hỏa, giải phóng họ khỏi sự kiểm soát của các phương tiện vận chuyển boson, và điều quan trọng nhất, tìm ra tung tích của Akito và Yurika.
