Phim này nói về nhóm ninja bí ẩn từ vùng đất trên mây tấn công bất ngờ vào làng Konoha. Nguyên nhân là do Konoha đã gần như tiêu diệt vùng trời này trong cuộc chiến tranh lớn ở thế giới Shinobi thứ hai. Nhóm ninja đó bắt đầu xông vào Konoha, gây ra một giai đoạn hỗn loạn, với những Sora-nin bay lượn và nã đạn vào làng.
Có một cậu bé đã đi một quãng đường rất xa để thông báo cho Konoha biết rằng làng của cậu đã bị tấn công. Cậu đang tìm kiếm thầy của mình, những người đang có mặt ở Konoha, để đưa thầy về giúp cậu chữa trị cho những người bị thương trong làng. Cậu được giao cùng với nhóm ba người, bao gồm Naruto, Sakura và Hinata, cùng Amaru và thầy của cậu, Shinno, để quay lại giúp đỡ làng của Amaru.
