Một cuộc tấn công bất ngờ địa chấn đã xảy ra. Những ninja từ Vùng Trời đang tìm mọi cách để trả thù cho kẻ thù truyền kiếp của mình là Konohagakure. Trong lúc mọi người ai cũng muốn tham gia chiến đấu, Naruto Uzumaki lại bị kẹt lại bởi Shinnou, một bác sĩ lạ mặt. Ông ta đang cần sự giúp đỡ của Naruto để cứu một người đang gặp nguy hiểm.
