Sau một thời gian dài ẩn dật, bộ Tứ Ninja Rùa đã trưởng thành, ngày càng giỏi giang, chín chắn và gắn bó hơn với nhau. Dưới sự dẫn dắt của thầy Chuột, họ vẫn duy trì tinh thần đoàn kết. Nhưng những mối nguy hiểm vẫn còn tồn tại, và giờ đây ác quỷ lại bắt đầu trở lại, gây ra những chuyện bí ẩn tại New York. Tất cả những rắc rối này do một tay trùm công nghiệp tham lam tên Max Winters đứng sau điều khiển. Hắn đang âm thầm xây dựng một đội quân quái vật hung dữ với ý định điên rồ là chinh phục thế giới. Không thể ngồi yên, các Hiệp sĩ Ninja Rùa lập tức quyết định ra tay để bảo vệ thành phố, tiêu diệt những kẻ xấu xa.
