Bẵng đi 400 năm, một căn bệnh đã gần như xóa sổ toàn bộ dân số trên trái đất, chỉ còn lại một thành phố duy nhất, Bregna, với những bức tường bao quanh và do một hội đồng các nhà khoa học quản lý. Khi Æon Flux, một đặc vụ nổi tiếng của nhóm nổi dậy ‘Monican’, nhận nhiệm vụ ám sát một kẻ lãnh đạo trong chính phủ, cô đã đi sâu vào một thế giới đầy bí mật mà không ngờ tới.
