Khi mùa xuân chuyển sang hè, Makoto Yuuki vẫn đồng hành cùng Đội thực thi ngoại khóa chuyên biệt (SEES). Đội vẫn tiếp tục chiến đấu với đủ loại Shadows, nhưng giờ đây họ gặp phải một đối thủ mới: Strega, một băng nhóm sử dụng Persona khá mờ ám và có ý đồ khai thác Giờ đen tối phục vụ cho mục đích cá nhân. Có vẻ như Strega nắm trong tay những thông tin quan trọng về Giờ đen tối thực sự.
