Phong Vân 2 xoay quanh nhân vật Bộ Kinh Vân. Anh ta nhất quyết đấu một trận sống còn với Nhiếp Phong vì lo sợ sức mạnh tàn ác của Nhiếp Phong có thể gây hại cho giang hồ. Khi Nhiếp Phong tỉnh lại, anh lầm tưởng mình đã giết chết Đệ Nhị Mộng và Bộ Kinh Vân. Đau khổ và dằn vặt, anh quyết định sống ẩn dật, xa lánh mọi thứ xung quanh.
Ngược lại, Bộ Kinh Vân sau khi cứu sống Nhiếp Phong lại bị mất trí nhớ và sống một cuộc đời thanh bình. Nhưng sự thật không thể giấu mãi, anh dần nhận ra nguồn cội của mình, trong khi giới võ lâm lại bắt đầu để mắt đến thanh kiếm thần thoại của anh. Lần này, anh phải đối đầu với Đế Thích Thiên – một kẻ hung bạo đã sống được 2000 năm. Hai người bị cuốn vào cuộc chiến giành Long Châu, nơi mà nhiều kẻ khác cùng mơ ước về việc trường sinh bất tử. Trong cuộc chiến này, còn có sự trở lại của kẻ thù cũ: Đoạn Lãng.
