Phù Dao hoàng hậu kể về câu chuyện của Mạnh Phù Dao (Dương Mịch). Cô nàng là một người phụ nữ nước dần dạn, thông minh và đầy quyết tâm. Để có được “mật lệnh” của Ngũ Châu, cô phải trải qua rất nhiều khó khăn gian khổ. Trong chuyến hành trình đầy nguy hiểm đó, Phù Dao đã tình cờ gặp Trưởng Tôn Vô Cực (Nguyễn Kinh Thiên), một chàng trai luôn sẵn sàng trợ giúp cô. Cả hai đã quyết định cùng nhau đứng lên chống lại những âm mưu gian xảo của Nhiếp chính vương nước Thái Uyên và đẩy lùi bọn giặc ở phương Nam. Ngoài ra, họ còn hợp tác với Liệt vương Chiến Bắc Dã của nước Thiên Sát để lấy lại vương quyền, và cuối cùng công nhận thân phận Toàn Cơ nữ vương của Phù Dao.
