Có một cô gái bí ẩn tên là Sakura vừa trốn thoát khỏi nơi mà bạn thân của cô, Shizuku, bị bắt. Sau khi thoát ra, Sakura rơi xuống Nhân giới và gặp Ichika Usami. Cô bảo rằng mình đến từ “Sakuragahara”, một nơi có phong cách Nhật Bản cổ, đang gặp nguy hiểm vì một kẻ ác độc tên Karasu Tengu đã đến chiếm đoạt và lấy đi mọi thứ đẹp đẽ trong thế giới của cô. Sakura cũng đang đi tìm những người hùng Pretty Cure đại diện cho Sweet, Jewels và Keys. Ichika liền đáp rằng cô đã lập ra đội KiraKira PreCure, chuyên về đồ ngọt. Khi hai kẻ sai vặt của Karasu Tengu xuất hiện ở thế giới loài người để truy tìm Sakura, các thành viên khác trong đội KiraKira đã bị phục kích nhưng may mắn được Maho Girls PreCure cứu giúp! Đội này đại diện cho Jewel and Go! Còn đội Princess PreCure thì đại diện cho Key. Dần dần, họ tụ tập lại cùng với Sakura.
