Người ta đang phải đối diện với một vấn đề nghiêm trọng: thế giới thực đang dần bị chuyển hóa thành kỹ thuật số. Netto và Rockman sau khi biết chuyện, đã quyết định theo chân cha của mình và cả nhà nghiên cứu mạng, Yuuichirou, để tìm hiểu rõ hơn. Họ phát hiện được rằng trong hệ thống của công ty Trinity Brain có thông tin về một cuộc xâm lược: *Trái Đất sẽ nhận thức được mọi thứ trong thế giới mạng*. Để ngăn chặn chương trình gây rối này, Netto và Rockman phải thâm nhập vào lòng đất.
Tuy nhiên, ở đó không chỉ có những kẻ thù cũ mà còn có những cái mới đang chờ đợi họ. Trong lúc họ chiến đấu để vạch trần sự thật, Nebula Grey – một cái ác đang tiềm tàng trong thế giới mạng – cũng bắt đầu thức tỉnh. Hiện tượng chuyển hóa phi vật chất sẽ không dừng lại cho đến khi Tinh vân Xám bị đánh bại.
