Một năm sống ở Mỹ, Kurisu Makise đã trở về Akihabara và gặp lại Rintarou Okabe. Thế nhưng, cuộc tái ngộ của họ không được kéo dài lâu khi Okabe bắt đầu phải đối phó với những dòng thời gian liên tiếp lặp lại, do những hệ lụy từ những lần du hành thời gian của anh đã bắt đầu xuất hiện.
