Câu chuyện diễn ra vài năm sau những sự việc trong Sword Art Online, khi Kazuto “Kirito” Kirigaya và em gái của cậu là Suguha gặp lại Asuna Yuuki, Rika “Lisbeth” Shinozaki và Keiko “Silica” Ayano tại một trường dành cho những người đã sống sót sau SAO.
