Khi phim bắt đầu, thấy Asuka đang trong tình trạng hôn mê, còn Shinji thì cảm thấy ghê tởm bản thân như chưa bao giờ trong đời. Tổ chức SEELE đã tấn công vào trụ sở của NERV, và Asuka, dù bất tỉnh, đã được chuyển đến chiếc Eva Unit Two. Trong khi đó, Misoto đang cố tìm kiếm Shinji. Còn bố của Shinji thì đang có kế hoạch lợi dụng Rei Ayanami để khởi động cái gọi là *Tác động thứ ba*.
