Mikoto Misaka cùng đám bạn của mình đã trở lại, quyết tâm khám phá những tin đồn xung quanh Thành phố Học viện. Chỉ một thời gian ngắn sau, Mikoto phát hiện ra một sự thật đáng sợ: khắp nơi trong thành phố đang diễn ra những thí nghiệm quái gở, liên quan đến việc sát hại hàng nghìn người sở hữu siêu năng lực.
