Touma Kamijou không có chút thời gian nào để thở. Sau khi xảy ra cuộc xâm lược ở Thành phố Học viện, tình hình chính trị ngày càng căng thẳng, khi mà phe khoa học và phe ma thuật cứ lao vào đụng độ. Nghe đâu yêu cầu của Thành phố Học viện sắp sửa tuyên chiến với Giáo hội Công giáo La mã, và nếu điều đó xảy ra, rất có thể chiến tranh sẽ lan rộng khắp nơi. Touma lại một lần nữa thấy mình ở ngay giữa cuộc chiến, cố gắng bảo vệ những người bạn và đồng đội xung quanh.
