“Venus Versus Virus” xoay quanh câu chuyện của cô nữ sinh bình thường tên là Sumire, người từ bé đã có khả năng nhìn thấy ma. Khi cô chia sẻ điều này với bạn bè và gia đình, họ chẳng tin và cho rằng Sumire chỉ đang nói dối. Một hôm, mọi chuyện rẽ theo hướng khác khi cô tình cờ gặp một con gián bay ra từ không trung, và rồi là một con quái vật cùng một người mặc đồ gothloli tên Lucia. Gặp gỡ ấy đã khiến Sumire phải đưa ra một quyết định quan trọng: sử dụng năng lực đặc biệt của mình để chiến đấu với những “virus” đang tấn công và gây hại cho con người.
