Cuối phần trước, Thiếu tá Kusanagi Motoko không còn công tác ở đơn vị 501 nữa mà đã gia nhập Section 9 nhờ vào sự kêu gọi của Aramaki. Tuy nhiên, trong lúc chưa thể tìm được đồng đội cho đội đặc nhiệm mới của mình, một tên phản diện đã tấn công toàn bộ hệ thống giao thông của thành phố. Chỉ có cô và con Logicoma của mình có thể ngăn chặn mối đe dọa này. Nhưng mà, cô không thể làm việc này một mình được…
