Câu chuyện bắt đầu 30 năm sau những gì đã xảy ra trong loạt phim Youkai Watch đầu tiên. Ngày xưa, có một thằng nhóc 11 tuổi tên là Keita Amano. Cậu ta sở hữu một chiếc đồng hồ huyền bí, nhờ vào đó mà cậu có thể điều khiển những yêu quái. Keita đã kết thân với nhiều yêu quái và cùng nhau trải qua biết bao nhiêu nhiệm vụ lớn lao.
